Началото е поставено с Приказ N 439 от 1 декември 1891 г. на военния министър, с който се създава Софийска обща гарнизонна болница (СОГБ). Не само любопитно, а и символично е, че за неин пръв началник е „командирован“ акушер-гинеколог – санитарният подполковник доктор Георги Димитров Золотович (1853 г.– 1927 г.), завършил медицина в Москва през 1879 г. и извършил първата овариотомия в България през 1882 г. Бъдещата военномедицинска болница е „изродена“ от блестящ специалист и общественик, председател на Висшия медицински съвет, автор на законопроект за Народното здраве, първи редактор на списание „Медицински сборник“.
От 1 януари 1893 г. СОГБ се преименува на Първа софийска дивизионна болница със 100 войнишки и 10 офицерски легла. В статия на санитарния майор Игнат Барбар се препоръчва болницата „да бъде образец във всяко отношение“ и се посочват високите изисквания и очаквания, които се поставят за развитието не само на военното, а и на гражданското здравеопазване. За това допринасят усилията на родолюбиви възрожденски лекари, които работят там: Луиджи Понтара, Йосиф Любенов, Петко Димитров, Иван Бацаров, Тодор Попов. За авторитета на младата българска медицина допринася и първата хуманитарна мисия в историята на българското здравеопазване по време на Руско-японската война. Медицинската бригада е ръководена от подполковник Димитър Киранов и от майор Тодор Илиев, действала е в далечна Манджурия от 8 май 1904 г. до 10 ноември 1905 година.
По време на Балканската война болницата е клон на Разпределителната болница в София и се ръководи от д-р Асен Петров, всепризнат хирург, един от основоположниците на модерната медицина в България. Той е автор на нови оперативни техники и е въвел пластично-възстановителната хирургия в практиката. С обявяването на Първата световна война целият състав на болницата получава мобилизационно назначение
и се включва в медицинското осигуряване на фронта. В сградите е разкрита Шеста местна военна болница с 1000 легла, чийто началник е именитият хирург Иван Карамихайлов. Той ръководи окръжните и околийските граждански лекари, изпращани в полевите болници, и осъществява взаимодействие с австрийската санитарна мисия, пристигнала и настанена в София. Там са лекувани около 10 000 ранени и болни, което е използвано за основа на важни разработки във всички клонове на военната медицина.
След войната с мирновременен щат се оформя Общоармейска военна болница (ОАВБ), за началник на която е назначен подполковник Рачо Ангелов. Той съдейства базата да се използва за нуждите на новооткрития Медицински факултет в София. По силата на Ньойския мирен договор от 1920 г. всички военни болници са
разформировани и са предадени в разпореждане на Дирекцията на народното здраве. Като самостоятелно военно лечебно заведение ОАВБ е възстановена на 25 август 1924 г. с началник санитарният полковник Петко Вълков, завършил медицина в Монпелие и кадрови военен от 1903 г. От 1938 г. ОАВБ е преименувана и функционира като Общовойскова болница (ОВБ) с началник санитарният полковник Лудвиг Стрибърни, който има заслуги за изграждането на цялостна система за предпазване на войниците от малария в силно маларичните райони на Беломорието и Македония.
От 22 ноември 1944 г. началник на ОВБ е санитарният полковник Иван Щърбанов, който като студент по медицина във Франция прекъсва следването и участва в Балканската война. Като кадрови военен лекар преминава през всички перипетии на военната служба и работи в ОВБ дори след Втората световна война. Началник от 20.1.1946 г. до 1.2.1950 г. е бъдещият генерал Август Милчев, с чиято заповед през 1949 г. е създаден Институт на специалисти консултанти към ОВБ. Там са назначени медицинският полковник от запаса проф. Бойчо Бойчев – по проблемите на ортопедията и травматологията, медицинският полковник проф. Георги Янков – по проблемите на УНГ-болестите, медицинският полковник о. з. проф. Гоце Тенчов – специалист по рентгенология.
В началото на 1950 г. за началник е назначен медицинският полковник д-р Иван Маринов, основоположник на трудовата хигиена в България, а от юли с.г. длъжността се заема от ген.-майор проф. Коста Стоянов, основоположник на сърдечно-съдовата хирургия у нас.
От 25 май 1951 г. ОВБ се преименува в Централен военен госпитал с поликлиника, а от 26.10.1954 г. до 12.08.1960 г. функционира под наименованието Общоармейска болница. Там се извършва първата операция на отворено сърце под умерена хипотермия за зашиване на междупредсърден дефект (проф. Генчо
Кръстинов), изработен е първият български апарат за екстракорпорално кръвообращение (проф. Милан Милев), направена е за първи път в страната частична резекция на бъбрек при туберкулоза (проф. Иван Викторов), както и пластично закриване на дефекти на черепа с органично стъкло и пъпна връв (проф. Ганчо Савов).
Постепенно нараства необходимостта от обединение на всички лечебни, научни и учебни военномедицински звена. Висшият военномедицински институт (ВВМИ) е създаден с ПМС от 12 август 1960 г. и е следващ по-висок етап в развитието на медицинската служба на БНА. Началници са били: Генчо Кръстинов (1960-1962), проф. Атанас Малеев (1962-1964), проф. Николай Купенов (1964-1967, 1981-1988), доц. Иван Хариев (1967-1973), полковник д-р Васил Герганов (1973-1981), проф. Йовчо Топалов (от септември 1988 до април 1989 г.).
Израз на нарасналия авторитет и признание за значителните постижения в областта на военномедицинската, а и на медицинската наука като цяло е Указ на МС, с който от 7 април 1989 г. към Министерството на отбраната се създава ВМА. В състава се включват: ВВМИ, Обединеният авиомедицински научноизследователски институт, Военноморската болница във Варна и Първа клинична база „Д-р К. Хавезов“, преименувана в Клинична база „Лозенец“. За пръв началник на ВМА е назначен чл.-кор. ген.-майор Йовчо Топалов, който има най-големи заслуги за нейното създаване и изпълнява тази длъжност до юни 1990 г. След него началници на ВМА са: акад. ген.-майор Григор Мечков (1990-1992), доц. ген.-майор Никола Александров (1992-1994), проф. полк. Милан Петров (1994-1998), доц. бригаден генерал Румен Златев (1998-2002), проф. ген.-майор Стоян Тонев (2002-2013).
От 3 юни 2014 г. на кормилото на ВМА застава ген.-майор чл.-кор. проф. Николай Петров. Под неговото ръководство ВМА се стабилизира още повече и върви успешно към достойно посрещане на своята 125-а годишнина.
